Ich habe Markdown nicht mit den alternativen Markups verglichen, sondern es einfach ausprobiert, als ich es unter den Typepad-Formatierungsmöglichkeiten gesehen habe. So weit ich weiß, ist Textile komplizierter. Mit Markdown lassen sich z.B. keine class- oder id-Attribute vergeben. Es gibt auch nicht so etwas wie WikiWords oder eine eigene Auszeichnung für interne Links.
Ich verwende für längere Texte den nxml-Mode des Emacs. Den mag ich aber unseren Studenten nicht zumuten. Ich benutze ihn auch selbst nur ziemlich dilettantisch. Aber natürlich bietet er als validierender HTML-Editor bei weitem mehr Möglichkeiten als das Markdown-Markup. Bei Markdown kann man z.B. Elemente wie quote und cite nicht verwenden, es sei denn, man benutzt die entsprechenden HTML-Tags.